В браке с хореографом Рамуной Ходоркайте артист прожил 23 года. У них двое детей: сын 1999 года рождения и дочь 2003-го.
Кроме того у Бойко есть внебрачный сын Ян от Евгении Добровольской. По его словам супруга знала о наличии Яна, но ревности никогда не высказывала.
Причина расторжения брака неизвестна. Ярославу приписывают роман и с Марией Порошиной и самой Марии даже пришлось давать комментарий по этому поводу, отрицая наличие связи.